Ricercatori americani hanno sviluppato un database aperto, risultato dell’analisi dei dati estratti dai pannelli multigene in uso negli Stati Uniti

Negli ultimi anni le tecniche di sequenziamento di nuova generazione (Next Generation Sequencing, NGS) hanno generato un’enorme mole di dati sulle varianti genetiche germinali presenti in geni associati a un rischio maggiore di sviluppare tumori. Il problema è che vengono scoperte di continuo nuove varianti di significato incerto (VUS) che non possono essere classificate scientificamente o dal punto di vista clinico. Tuttavia politiche di condivisione dei dati potrebbero essere di grande aiuto per classificare queste varianti, come fanno notare alcuni ricercatori dell’Arizona State University, autori di una Research Letter appena pubblicata su JAMA Oncology. Proprio in quest’ottica di condivisione, gli studiosi statunitensi hanno creato un database che comprende una lista di geni inclusi nei pannelli di test genetici per i tumori ereditari in uso negli Stati Uniti e condiviso pubblicamente i dati ad oggi disponibili sulle varianti identificate in questi geni di predisposizione al cancro.

Pannelli e VUS

L’analisi dei ricercatori statunitensi ha evidenziato non solo un notevole variabilità tra i diversi pannelli di geni ma anche una serie di lacune nei dati disponibili sulle varianti, che dovrebbero essere colmate da chi si occupa di ricerca in questo ambito in modo tale da poter costruire un sistema solido per interpretare le singole varianti e quindi il rischio di cancro ereditario.

Nel loro studio, gli scienziati hanno identificato 17 compagnie maggiori che si occupano di test genetici per i tumori ereditari ed estratto i dati dai loro pannelli, creando una lista geni inclusi in almeno un pannello ed estraendo dati dal database pubblico ClinVar.

I limiti

Mancano standard per i geni offerti nei pannelli per i tumori ereditari e linee guida cliniche. Sono queste le conclusioni a cui sono giunti gli autori dell’indagine che hanno comunque sottolineato l’importanza di questi test come fonte di dati sulle varianti e di risultati informativi. È infatti molto importante poter avere informazioni sul significato delle singole varianti perché se si sbaglia a interpretarne il ruolo rispetto alla malattia, si finisce per intervenire in modo errato, per esempio indicando interventi di prevenzione (che possono essere anche aggressivi come la mastectomia profilattica o l’annessiectomia profilattica nel caso di mutazioni nei geni BRCA1 o BRCA2) laddove non sono necessari e magari escludendoli dove sarebbe corretto eseguirli.